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Le pays est situé dans une zone climatique variée, allant des régions subarctiques du nord aux climats subtropicaux du sud, ce qui favorise une grande variété de plantes et d'animaux. Les forêts couvrent environ 70% de la superficie totale du pays, offrant ainsi un habitat essentiel pour de nombreuses espèces animales. Les montagnes du Japon, telles que les Alpes japonaises, abritent une faune diversifiée, notamment des macaques japonais, des cerfs sika, des ours noirs et des renards. Les forêts humides de Yakushima, une île située au sud-ouest du Japon, sont classées au patrimoine mondial de l'UNESCO en raison de leur biodiversité exceptionnelle. Les eaux entourant le Japon regorgent également de vie marine. Les courants marins riches en nutriments, tels que le courant de Kuroshio, soutiennent une grande variété de poissons, de coraux, de mammifères marins et de crustacés. Le Japon est réputé pour ses dauphins, ses baleines et ses tortues marines. Les côtes rocheuses du pays sont habitées par une multitude d'espèces marines, y compris des crabes, des étoiles de mer et des mollusques.
Tout comme la faune, la flore n'est pas en reste. Outre les cerisiers, le Japon abrite de nombreuses autres plantes magnifiques telles que les érables japonais, les azalées, les iris et les orchidées. Les jardins japonais traditionnels sont conçus pour mettre en valeur la beauté naturelle de ces plantes.
Cependant, la biodiversité japonaise est confrontée à des défis. La dégradation des habitats naturels, la pollution et la surexploitation des ressources sont autant de menaces pour les espèces et les écosystèmes du pays. Le gouvernement japonais et les organisations environnementales travaillent ensemble pour protéger et restaurer la biodiversité, en mettant en place des réserves naturelles, en promouvant une gestion durable des ressources et en sensibilisant le public à l'importance de la conservation. Parmi les actions entreprises, on peut citer : la création du parc national de Shiretoko pour protéger sa riche biodiversité marine et terrestre, le programme de préservation de l'habitat des bœufs de Kobé ainsi que son élevage de manière durable ou encore le projet de réhabilitation des terrasses en rizières et des forêts dans la région de Satoyama.