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Le Massif central abrite une biodiversité abondante, adaptée à ses reliefs montagneux et ses vastes plateaux calcaires.
La faune est variée, caractéristique des milieux d’altitude et on y trouve des espèces emblématiques telles que le chamois, le mouflon, le cerf et le chevreuil qui évoluent dans les forêts et les vallées boisées. Les rapaces, comme le milan royal et le faucon pèlerin, sillonnent les cieux au-dessus des sommets volcaniques. Les cours d’eau, nombreux, abritent essentiellement des truites mais aussi des écrevisses à pattes blanches, témoignant de la richesse des habitats aquatiques.
La flore du Massif central est elle aussi diversifiée. Les vastes étendues boisées sont essentiellement mixtes, peuplées de chênes, de hêtres et de sapins, parmi lesquelles certaines sont anciennes. Dans les prairies et les landes, on découvre des espèces végétales endémiques telles que l’astragale de Montpellier et l’orchidée sauvage. La présence de tourbières est également un élément remarquable et contribue à la richesse de la biodiversité.
De nombreuses initiatives de préservation de la biodiversité sont menées dans tout le Massif central. Neuf parcs naturels régionaux, tels que le parc des Volcans d’Auvergne et le parc des Grands Causses ainsi qu’un parc national, celui des Cévennes, œuvrent à la conservation des habitats naturels. Des réserves, telles que la réserve naturelle nationale de Chastreix-Sancy, protègent également des zones sensibles et des espèces menacées.