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Le Monténégro abrite une biodiversité très conséquente. L’influence méditerranéenne, les montagnes imposantes et les vastes forêts créent un environnement favorable à l’épanouissement de nombreuses espèces.
La faune monténégrine compte plus de 150 espèces de mammifères, parmi lesquelles le lynx des Balkans, l'ours brun, le loup et le chamois. Les cieux sont peuplés de plus de 300 espèces d'oiseaux, dont des rapaces. Les seules rives du lac Skadar sont le point de passage annuel de près de 200 000 oiseaux migrateurs, parmi lesquels on compte notamment le pélican frisé, le cormoran pygmée ainsi que de nombreux hérons.
La diversité florale du Monténégro se caractérise par des plantes adaptées aux conditions climatiques méditerranéennes sur le littoral (figuier de barbarie, agaves, oliviers, genévriers, etc.) et des espèces montagnardes en altitude.
Le pays compte cinq parcs nationaux : Durmitor, Skadar Lake, Biogradska Gora, Prokletije et Lovćen. Le parc de Biogradska Gora abrite près de 2 000 espèces végétales, dont près d’un quart est endémique et sa forêt vierge bénéficie d’une protection très stricte. Quant au parc de Durmitor, il présente près de 700 espèces végétales, dont une forêt de pins noirs. L’Unesco a caractérisé le parc comme étant « l’un des plus riches centres d’endémisme en Europe ».