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Le Nicaragua abrite des écosystèmes très variés, parmi lesquels on dénombre environ 7 000 espèces de plantes et plus de 500 espèces de mammifères.
Les forêts tropicales du Nicaragua jouent un rôle crucial dans la préservation de la biodiversité. Elles sont le foyer d'une grande variété d'espèces, allant des jaguars aux singes hurleurs, en passant par des oiseaux emblématiques tels que le toucan.
Les côtes nicaraguayennes qui bordent l'océan Pacifique et la mer des Caraïbes, sont, elles aussi, des zones clés pour la biodiversité marine. Les tortues, les requins, les dauphins et une multitude de poissons tropicaux y trouvent refuge.
L'île d'Ometepe, la plus grande île du Lac Nicaragua, est également reconnue comme une réserve de biosphère, abritant une faune et une flore uniques et pour certaines endémiques.
Les initiatives de préservation comprennent la création de réserves naturelles, telles que la réserve naturelle de la biosphère Río San Juan, qui abrite une grande variété d'espèces végétales et animales. Des projets de conservation se déploient également à travers les parcs, comme que le parc national de Volcans, où des efforts sont déployés pour protéger certaines espèces, comme le jaguar et le quetzal, ou le parc national de Bosawás, qui protège l’équilibre de la forêt tropicale humide.