Le Pakistan, alliant sommets enneigés de l'Himalaya et vastes déserts, abrite une biodiversité remarquable, adaptée aux conditions extrêmes.
La faune pakistanaise compte plus de 200 espèces de mammifères, comprenant des animaux emblématiques tels que le léopard des neiges ou le markhor (grande chèvre sauvage aux cornes spiralées). Le parc national de Deosai en particulier abrite des espèces remarquables telles que le loup gris, le bouquetin de l'Himalaya ou le renard du Tibet, ainsi que des papillons rares. Les oiseaux, qu'ils soient résidents ou migrateurs, ajoutent à la richesse de cette biodiversité, avec plus de 700 espèces répertoriées.
Des forêts de conifères couvrent de larges zones comprises entre 1 000 m et 4 000 m d’altitude dans les hautes terres du nord et du nord-ouest. La diversité florale pakistanaise est également étonnante et les prairies alpines de la vallée de Swat abritent une grande variété de plantes.
Le souci de préservation de la biodiversité au Pakistan a abouti à la création de la réserve de la biosphère de Ziarat Juniper, qui abrite la plus vaste forêt de genévriers du monde. De même, le parc national de Hingol, le plus étendu du pays, est réputé pour sa faune et sa flore, et abrite notamment le léopard de Sindh, le chinkara et les pangolins indiens.