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Les Pyrénées abritent une biodiversité exceptionnelle, adaptée à leurs reliefs variés et à leurs écosystèmes uniques. Leur répartition varie selon l’altitude, l’exposition sur les versants sud ou nord mais aussi les influences climatiques, méditerranéenne ou océanique entre autres.
La faune pyrénéenne est particulièrement diversifiée, avec des espèces emblématiques telles que l’isard, le bouquetin, le cerf évoluant dans les forêts denses et les vallées boisées. Les marmottes ne sont pas rares en altitude et on compte également quelques ours bruns. Des aigles royaux, des vautours et des circaètes Jean-le-Blanc survolent les sommets escarpés.
La flore des Pyrénées est tout aussi remarquable et compte environ 4 500 espèces. Les vastes étendues boisées sont dominées par des espèces comme le hêtre, le chêne et le pin à crochets. L’altitude explique que l’on y trouve le chardon bleu et le silène acaule, mais aussi des espèces endémiques telles que le vélar des Pyrénées ou l’androsace ciliée. Les tourbières et les lacs d’altitude sont des zones fragiles où prospèrent des espèces végétales rares.
De nombreuses initiatives de préservation de la biodiversité sont menées dans les Pyrénées. Trois parcs nationaux, parmi lesquels on compte le parc national d’Ordesa et du Mont-Perdu, ainsi que des parcs naturels régionaux, s'engagent à protéger les espèces menacées. De très nombreuses réserves, telles que la réserve naturelle du Néouvielle, augmentent encore le degré de protection des écosystèmes fragiles et des espèces endémiques.